Избранный наместником монастыря архимандрит Алипий (1959-1975) продолжил благоустройство монастыря, снискав к себе большое уважение братии и верующих, которые знали его. Реставрационные и художественные работы, содействовавшие возвышению монастыря, проводились под руководством и под непосредственным участием самого наместника, архимандрита Алипия. Будучи иконописцем, архимандрит Алипий написал много икон и картин на библейские и евангельские темы, украсивших внутренний и внешний вид монастыря. При нем была осуществлена позолота иконостаса Успенского собора, восстановлены и реставрированы крепостные стены и башни, которые были в полуразрушенном состоянии на протяжении более 200 лет, сделано деревянное покрытие башен и крепостных стен, произведена реставрация Михайловского собора с установлением в 1969 году центрального водяного отопления.

     В 1974 году был позолочен купол Михайловского собора, произведен капитальный ремонт Никольской церкви, утеплен коридор братского корпуса. При личном участии Алипия была срублена на Святой горе часовенка во имя преподобных Антония и Феодосия Киево-Печерских и сделана им самим роспись внутри ее.

     В 60-е годы начались первые связи с Афонским русским Пантелеймоновским монастырем, которые углубляются и получают дальнейшее развитие. Иноки монастыря частично пополняют братию монастыря на Афоне.

     Большим событием в жизни монастыря было возвращение ценностей монастырской ризницы в обитель из Федеративной Республики Германии 25 мая 1973 года. При передаче присутствовал генеральный консул ФРГ в Ленинграде Альфред Блюменфельд. С 1960 года в монастыре по благословению Владыки Иоанна началось непрерывное чтение «Неусыпающей псалтири». «Неусыпающая псалтирь всякий грех отгоняет, человека просвещает, всякое зло убивает», - говорил схиигумен Савва, по молитвам которого и было получено благословение Владыки на непрерывное чтение «Неусыпающей псалтири».